Die Masterabsolventen haben die Möglichkeit z.B. in den folgenden Berufsfeldern z​u arbeiten:

• Geschäftsprozessmanagement
• Innovations- Forschung und Entwicklung Management
• Technischer Vertrieb
• Logistik und Supply Chain Management
• Unternehmens IT
• Projektmanagement
• International Business
• Controlling und Finanzierung
• Industrielles Stoffstrommanagement​​

​​​Bachelor- oder Diplomabschluss im Bereich des Wirtschaftsingenieur- bzw. Ingenieurwesens mit mindestens 210 Credits und einer Mindestnote von „2,5 (Gut). Fehlende Credits oder fehlende Vorkenntnisse können über einen Sonderstudienplan nachgeholt werden. Außerdem ist der Nachweis hinreichender Kenntnisse der englischen Sprache erforderlich.​

Der Masterstudiengang Wirtschaftsingenieurwesen erstreckt sich über eine Regelstudienzeit von drei Semestern. Die ersten beiden Semester dienen der Auffrischung bereits bekannter Themenfelder sowie der Vertiefung und Spezialisierung. Die Studierenden werden dabei mit wichtigen ​​Themen aus den Bereichen Betriebswirtschaftslehre und Ingenieurtechnik vertraut gemacht. Die Studierenden können die Module zum Teil anhand der drei Vertiefungsrichtungen Technischer Vertrieb & Produktmanagement, Produktion und Entwicklung belegen. Weitere Module in den ersten beiden Semestern sind zum Beispiel:

• Geschäftsprozess- und Qualitätsmanagement
• Technischer Vertrieb
• Digitales Unternehmen
• Projektmanagement
• International Business

Das dritte Semester dient laut Regelstudienzeit der Anfertigung der Maste​rarbeit. Diese wird in einem Kolloquium vorgestellt. Das Masterstudium ist interdisziplinär angelegt und erzeugt in vielen Themenbereichen wertvolle Synergieeffekte. Diese kommen den Studierenden später im beruflichen Alltag zugute. Auch die praktische Ausrichtung des Studiums an der Ernst-Abbe-Hochschule Jena, erweist sich als Vorteil für die Absolventen. In aller Regel erfolgt der Übergang in den Job reibungslos.​

Wirtschaftsingenieure besetzen wichtige Positionen in nationalen und internationalen Unternehmen. Vom mittelständischen Betrieb bis zum multinationalen Großkonzern können Absolventen dieses Masterstudiums eingesetzt werden. Dank der hochwertigen Kompetenzen in wirtschaftlicher Hinsicht, können die Absolventen auch in Führungspositionen gelangen. Sie belegen wichtige Schnittstellen zwischen Technik und Wirtschaft. Dafür müssen sie die Sprache der Techniker sprechen, Pläne und komplexe Systeme verstehen, aber auch über die wirtschaftlic​​hen Abläufe im Klaren sein, Kosten unter Kontrolle halten und den Gesamtüberblick wahren. Typische Einsatzgebiete finden sich zum Beispiel in diesen Fachabteilungen:

• Produktion
• Forschung und Entwicklung
• Marketing und Vertrieb
• Projektmanagement
• Controlling​